故事的主角是四只住在纽约下水道的基因突变的小海龟，由他们的老师——一只变成了老鼠的日本忍者教导他们忍者的精神和功夫，以此同邪恶的忍者斯雷德和外星人朗格进行战斗。因为忍者龟的老师非常喜欢艺术，所以用了四名知名艺术家的名字来给他们命名，分别是使用双刀的达芬奇、擅长铁尺的拉斐尔、用长棍的多那泰罗和最爱搞笑的双截棍高手米开朗基罗。