《机动战士高达 TWILIGHT AXIS》的故事发生在《机动战士高达 独角兽》故事之后的几个月，讲述了两名原本属于吉翁阵营的男女在《独角兽》故事结束之后的几个月以民间参与者的身份加入了地球联邦对阿克西斯的调查团被卷入风波的故事。