TYPE-MOONの人気PCゲーム「Fate,staynight」を映画化した劇場版3部作の第2章。原作ゲームで,ヒロインのひとりである間桐桜を通じて「聖杯戦争」の真実に迫ったシナリオルート「Heaven"sFeel」（通称?桜ルート）をアニメ化した。10年ぶりに冬木市で始まった戦争は,「聖杯戦争」の御三家と言われた間桐家の当主?間桐臓硯の参戦により,歪みが生じていく。一方,魔術師（マスター）として参戦していた衛宮士郎は傷つき,英霊（サーヴァント）のセイバーを失ってしまう。それでも士郎は,桜を守るため戦い続ける。そんな士郎の身を案じる桜だったが,彼女自身もまた,魔術師の宿命に捕らわれていく。